Apple Music（iCloud、ファミリー共有）利用中の2台のiPhoneを1台のPCで同期し利用する私なりの方法。
1台のPCで2台のiPhoneを同期する方法については
複数の方法がありますが、個人的に一番手軽で確実だと思う
ライブラリを別にして運用する方法でやってます。
方法については公式にもあがってますのでそちらを参考にしてください。
（別個に iTunes ライブラリを作成する の項目。）
ライブラリを別個にすると、
エクスプローラーではこんなかんじですね。
これらのフォルダ直下にそれぞれ
ライブラリファイル（iTunes Library.itl）が配置されてます。
これで複数のiPhoneの同期が可能となりました。
ここで個人的なこだわりを。
ライブラリを別にすると、PC内に保存されるデータの格納場所である
iTunes Mediaの場所もデフォルトでは別々になりますが
これは同じにしたい。データ自体は一元管理したいからです。
たとえば 前述した iTunesライブラリ配下の iTunes Mediaに
一元管理する場合、iTunes2ライブラリのほうでiTunesを起動して
設定 -> 設定 -> 詳細
iTunes Media フォルダーの場所 を
iTunesライブラリ配下のiTunes Mediaへ変更します。
。。。
ライブラリ切り替えの際、
Apple Music（iCloud）を利用している場合は
iPhone端末のユーザーに合わせて
アカウントメニューからApple アカウントの切り替えを行いましょう。
２台のiPhoneを同一人物が使っているなら切り替えは不要となるでしょう。
アカウントの切り替えもしないと
相手の聞いた曲が共有されたりして情報がごっちゃになったような
記憶があります。
Apple Music（iCloud）を利用している場合は
サインインしたうえで、設定 -> 一般 のところで
iCloudミュージックライブラリにチェックを入れないと
iCloudミュージックライブラリプレイリストなどが
表示されませんのでこちらもお忘れなく。
以上。
同じiTunes Mediaフォルダを参照するようにするなどは
とくに個人的なやり方なので参考にする際は自己責任でお願いします。
テスト環境:Windows10 Professional ,iTunes12.5x